Neue historiographische Anstöße gingen im frühen 19. Jahrhundert von August Neander aus, der von Johann Gottfried Herders und Friedrich Schleiermachers Geschichtsauffassung inspiriert war. Seine erweckliche »Herzens-Theologie« lenkte das Interesse auf die frömmigkeitsgeschichtliche Erforschung von Einzelbiographien, in denen sich die epochenübergreifend wirksamen Gegensätze von Glaube und Unglaube bzw. Zweifel studieren ließen. Neanders am (frommen) Individuum orientierter Ansatz wirkte weiter bei Karl August von Hase, August Tholuck und Richard Rothe.

Die Reformation blieb für Baur die eigentliche epochale Wende von der Welt des Mittelalters hin zu einer höheren Realisierung der christlichen »Idee« von Kirche. Hier wurzelten ihm zufolge die in der Folgezeit wirksamen tragenden protestantischen Prinzipien, die »Freiheit des Subjekts« und die »Autonomie des Staats«. Andere namhafte Theologen des 19. Jahrhunderts wie der von Immanuel Kant, G.W.F. Hegel und F. Schleiermacher beeinflusste Isaak August Dorner und der Lutherforscher Julius Köstlin würdigten die Orthodoxie als legitime, wenngleich defizitäre »scholastische« Fortsetzung der Reformation, ohne freilich der Aufklärung eine besondere Bedeutung zuzumessen.

Für die konfessionelle Dogmengeschichtsschreibung des 19. Jahrhunderts und ihren harmonisierenden Blick auf die orthodoxen Theologien charakteristisch waren die dogmatischen Quellenauszüge nach der Ordnung einzelner Loci (Heinrich Schmid, Dogmatik der evangelisch-lutherischen Kirche, zuerst 1843, und ihr Gegenstück von Heinrich Heppe, Dogmatik der evangelisch-reformierten Kirche, zuerst 1861). Diese Werke bereicherten nicht nur die detailliertere Kenntnisnahme orthodoxen Denkens, sondern inspirierten auch die dogmatische Arbeit über die eigenen Kreise hinaus. – Eigene Beiträge zur lehrmäßigen und kirchenrechtlichen Erforschung der Orthodoxie leisteten die im weiteren Umfeld der kirchlichen Unionsbemühungen im 19. Jahrhundert angestellten vergleichenden Untersuchungen zu lutherischer und reformierter Entwicklung auf dem Gebiet der Lehre (»komparative Dogmatik«) und der kirchlichen Verfassung. Hierzu zählen die wegweisenden Arbeiten des seit 1834 in Bern wirkenden Baur-Schülers Matthias Schneckenburger, der die Differenzen auf der Ebene des religiösen Subjekts und seiner Gestimmtheit fand und dazu neben gelehrten Texten auch Katechismen und Gebetbücher als Quellenmaterial heranzog. Für die reformierte Seite sei hier auf die Schriften Alexander Schweizers und die von Karl Bernhard Hundeshagen hingewiesen. Auch die umfängliche ›Dogmengeschichte des Protestantismus‹ von Wilhelm Gaß, die mit der historischen Rechtfertigung der Union diente, knüpfte bei Schneckenburger und Schweizer an, um den »geistigen Parallelismus in der Entwicklung der [protestantischen] Confessionen« (Gaß, Dogmengeschichte, Bd. 1 (1854), XI), soweit vorhanden, darzustellen. Hilfreich war auch seine Beobachtung vom Einfluss der katholischen jesuitischen Scholastik (Francisco Suárez) auf die protestantische Orthodoxie.

Ritschl erneuerte die These von der Orthodoxie als Rückfall in die katholische Scholastik bzw. Metaphysik und deren spekulatives »Räsonieren«. Das systematische Ordnungsdenken als solches wusste er zu würdigen. Diese Linie setzte sich in der Ritschl-Schule, so bei Adolf von Harnack und Karl Müller, in variierter Form fort. Das Interesse galt einer nichtspekulativen Offenbarungstheologie, die das reformatorische Christentum hauptsächlich vom jungen Luther verkörpert sah. Auf Seiten der »positiven« Theologie konservativen Zuschnitts versuchte der national-völkisch ausgerichtete Reinhold Seeberg mit seinem ›Lehrbuch der Dogmengeschichte‹ ein geschichtliches Verständnis der Typen des religiösen und kirchlichen Lebens im Sinne einer Morphologie von Religion und Kirchentum zu befördern.

Troeltsch widersprach sowohl der Ansicht, die Orthodoxie sei ein Rückfall in die (römisch-katholische) Scholastik, wie der These, deren Fortentwicklung zu einer protestantischen »Glaubensmetaphysik« sei noch für die Gegenwart relevant. Zwar lagen für Troeltsch die Anfänge der neuzeitlichen Moderne mit ihrer autonom-rationalen Signatur vorwiegend in Aufklärung und Pietismus, doch dies bedeutete keine Abwertung der vorausgehenden Epochen, im Gegenteil: Gerade die von Troeltsch »konfessionelles Zeitalter« (oder »konfessionelle Periode«) genannte Epoche offenbarte die dem Protestantismus von der Reformation mitgegebene Kraft zur Fortentwicklung und Transformation des Eigenen in Wechselwirkung mit den jeweiligen kulturellen Kräften der Zeit. Altprotestantismus und altprotestantische Theologie wurden als spezifische Gestalt christlicher Theologie gewürdigt. Ihre dogmatische Leistung bestand im grundsätzlichen Zusammenhalt von allgemeiner und religiöser Bildung sowie einer gleichzeitig »dualistischen« (wohl im Sinne von Troeltsch besser: dialektischen) Verhältnisbestimmung von weltlicher Wissenschaft (»Gesetz« in Gestalt der Vernunft) und biblischer Offenbarung (»Evangelium«). Das altprotestantische oder konfessionelle Zeitalter des 16. und 17. Jahrhunderts erschien dabei als reformatorisch umgeformte, aber in wesentlichen Teilen die mittelalterliche Einheitskultur fortsetzende epochale Größe. Diese endete mit den Religionskriegen auf dem Kontinent und in England. Ihr folgte im 18. und 19. Jahrhundert, erwachsend aus Aufklärung und Pietismus, die Epoche des Neuprotestantismus bzw. des modernen Protestantismus. Nicht die dominanten reformatorischen und orthodoxen Bewegungen, sondern Renaissance-Humanismus und (radikalreformatorischer) Spiritualismus wiesen demnach auf die Neuzeit voraus. Troeltsch bestritt somit nicht die These von der inneren Einheit von Reformation und Orthodoxie, wohl aber die Ansicht, Pietismus und Aufklärung seien nur vorübergehende Episoden, welche die bleibende Bedeutung der reformatorischen Anfänge verstellten. Weder sollte wie bei Ferdinand Christian Baur und der Tübinger Schule bis hin zu Isaak August Dorner der »Altprotestantismus« gegenüber der Reformation unterschätzt, noch dessen mittelalterliche Signatur und sein Gegensatz zur modernen Welt wie bei Ritschl und in der Ritschl-Schule aus einseitig lutherischer Perspektive nivelliert werden.

Vor allem Leube bemühte sich, mehr noch als Holl, um eine grundlegend positive Würdigung der Orthodoxie, was seinen Ausdruck in der Profilierung der sog. Reformorthodoxie und deren Bedeutung als Vorläufer des lutherischen Pietismus innerhalb der Orthodoxie fand. Holls Nachfolger in Halle, der Kirchenhistoriker Erich Seeberg, sollte die Fixierung auf Luther als Zentrum deutscher Frömmigkeitsgeschichte fortführen und nationalkirchlichen wie nationalsozialistischen Erwartungen anpassen. – Zur Vertiefung des bei Tholuck im erweckungstheologischen Kontext angelegten frömmigkeitsgeschichtlichen Ansatzes trug neben A. Ritschl aus lutherischer Perspektive Paul Althaus d.Ä. mit seinen ›Forschungen zur Geschichte der evangelischen Gebetsliteratur‹ (1927, repr. 1966) bei. Sowohl bei Ritschl als auch bei Althaus d.Ä. wurde die im Luthertum seit der Mitte des 16. Jahrhunderts reichlich rezipierte altkirchliche, mittelalterliche und zeitgenössische katholische meditative Gebets- und Frömmigkeitsliteratur als dem Luthertum fremde Mystik kritisiert. Fortschritte brachte erst Winfried Zeller Anfang der 1970er Jahre. Er konstatierte das Aufkommen einer »neuen Frömmigkeit« religiöser Innerlichkeit im Luthertum um 1700, repräsentiert durch Philipp Nicolai, Johann Arndt und Valerius Herberger. Sie galt ihm als Antwort auf eine durch Veräußerlichung der reformatorischen Botschaft und Verflachung des Bußernstes zustande gekommenen Frömmigkeitskrise der Zeit. Anders als bei A. Ritschl und P. Althaus d.Ä. wurde hier eine positive Wertung der Mystik im Luthertum vorgenommen. – Zu den Systematikern, die sich intensiv um ein besseres Verständnis der lutherischen Orthodoxie in Aufnahme des Tholuck’schen Erbes bemühten, gehört der Martin Kähler-Schüler Hans Emil Weber. Seine Hauptaufgabe sah er darin, die harte Abwertung der Orthodoxie bei Ritschl und seinen Schülern zu überwinden und die wesentliche Kontinuität mit dem dogmatischen Denken der Reformation aufzuzeigen.

Ebenfalls in Auseinandersetzung mit Troeltsch formulierte der Kirchenhistoriker Heinrich Hermelink aus lutherischer Perspektive die Bedeutung von Reformation, Gegenreformation und Orthodoxie zwischen Mittelalter und Neuzeit im namhaften ›Handbuch für Kirchengeschichte‹ (1911). In der zweiten Auflage des Handbuchs von 1931 übernahm Wilhelm Maurer die Darstellung von Gegenreformation und Orthodoxie. Die (deutsche) Orthodoxie erschien hier zwar im Gegenüber zu den »großen und farbensatten Schauspielen« des interkonfessionellen Ringens im westlichen Europa als »unfruchtbar« und »kleinkreisig«, doch auch sie galt es als wesentliches Element für die Epoche zwischen 1560 und 1689 wahrzunehmen und jenseits dogmatischer oder polemischer Interessen als positiven Beitrag zum »Heraufkommen des klassischen Zeitalters des Geistes und der Persönlichkeit« in Pietismus und Aufklärung zu würdigen (2. Aufl. 1931, 238f.).

Nachhaltig auf die Erforschung des Zusammenhangs von Konfession und Ökonomie wirkte Max Webers klassischer Aufsatz ›Die protestantische Ethik und der Geist des Kapitalismus‹ (2 Teile, 1904–1905, überarb. Fassung 1920). Er präsentierte den Protestantismus und dabei insbesondere den Calvinismus aufgrund seines rationalen, auf »innerweltliche Askese« angelegten Berufsethos als entscheidenden Katalysator (nicht: Ursache) für die Entwicklung des modernen, von rationaler Arbeitsorganisation und rastloser Arbeit zum Zwecke der Kapitalakkumulation beherrschten Kapitalismus. Weber setzte sich darin kritisch mit Werner Sombart auseinander, der von einem größeren Einfluss des spätmittelalterlichen Katholizismus und einer für spezifisch jüdisch ausgegebenen Erwerbsethik überzeugt war. Webers These entfachte unmittelbar nach ihrem Erscheinen heftige Debatten, kam aber erst nach dem Zweiten Weltkrieg zu breiterer Wirkung. Neben grundsätzlicher Kritik blieb kaum ein Teilbereich der These auf Dauer unangefochten. Kritisiert wurden etwa die Unklarheiten in der Begrifflichkeit von Protestantismus, Calvinismus und Puritanismus, die konfessionelle Engführung des Problems und die unkritischen Rückschlüsse von theologischen Lehrinhalten auf die Handlungsmotivation breiterer Schichten. Neben dem Calvinismus hatte Weber zwar gleichgerichtete Einflüsse von Pietismus, Methodismus und anderen Bewegungen wie den Quäkern benannt, doch war er diesen nicht weiter nachgegangen. Ein weiterer Kritikpunkt war, dass Webers Konzept wenig Raum bot für die Würdigung des mittelalterlichen Erbes, etwa der humanistischen Hochschätzung weltlicher Arbeit oder des Ethos der stadtbürgerlichen Erwerbswirtschaft jener Zeit. Demnach setzte der »Prozess der Verfleißigung« (Paul Münch) schon lange vor dem konfessionellen Zeitalter ein. Am Ende blieb die Frage offen, ob der Protestantismus als solcher überhaupt etwas mit dem Gang ökonomischer Entwicklung zu tun hatte, zumal sich konfessionsspezifische Einflüsse im Sinne Webers bislang nicht wirklich verifizieren ließen. Jedenfalls findet sich der von Weber behauptete Zusammenhang zwischen dem »Geist des Kapitalismus« und der calvinistischen Prädestinationslehre erst bei einzelnen englischen Puritanern nach etwa 1660. Die Förderung des Kapitalismus verdankt sich nach gängiger neuerer Auffassung mehr der Aufklärung als dem puritanischen Calvinismus. Darauf weisen das nachhaltige Lob des Marktes und des freien Handels als zivilisatorischer Kraft, die Geschäft und Moral wie von selbst zum Ausgleich bringen würden (Montesquieu, Adam Smith). Wichtig geworden sind in diesem Bereich inzwischen Fragen nach den konfessionsübergreifenden Faktoren ökonomischer Dynamisierung, der Rolle religiöser Minoritäten wie der Juden und der Hugenotten, und der Bedeutung der jeweiligen gesamtgesellschaftlichen Kontexte. – Als Beispiele zügiger wirtschaftlicher Entwicklung gelten die Niederlande und England, während Länder wie Frankreich, Spanien und weite Teile des Alten Reiches vergleichsweise lange rückständig blieben.

Im Bereich der dialektischen Theologie wollte man das relative Recht klassisch protestantischer Lehrformen der Orthodoxie nicht bestreiten, doch mit Orthodoxie im Sinne von formelhaftem Intellektualismus naturgemäß nichts zu tun haben. Die frühe Sorge von Emil Brunner, dass sich Karl Barth und Eduard Thurneysen in die Richtung einer »neuen Orthodoxie« (1919) bewegten, sollte sich für Kritiker wie Leonhard Ragaz im Nachhinein für die gesamte dialektische Theologie bestätigen.

Für die Deutung der (lutherischen) Orthodoxie in ihrer inneren Dynamik und ihrem Verhältnis zum Pietismus sind immer wieder Krisentheorien bemüht worden. So sah W. Zeller das Aufkommen des Arndtianismus (der sog. Arndtschen Frömmigkeitsbewegung) als Antwort auf eine Krise der Orthodoxie gegen Ende des 16. Jahrhunderts. Hartmut Lehmann erweiterte im Anschluss an die nach dem Zweiten Weltkrieg aufkommenden Krisentheorien, welche die bedrängenden Erfahrungen von Ernährungskrisen – unter anderem durch die Verschlechterung des Klimas in der »Kleinen Eiszeit« –, Kriegen und Epidemien und deren mentale Auswirkungen im Blick hatten, die »Frömmigkeitskrise« zu einer allgemeinen Strukturkrise des 17. Jahrhunderts. In erster Linie dürfte in unserem Kontext von einer dauerhaften, wenngleich unterschiedlich intensiv wahrgenommenen und markierten »Strukturkrise der (Volks-)Kirchlichkeit« bzw. des Traditionschristentums auszugehen sein, die Reforminitiativen und -bewegungen unterschiedlicher Art freisetzte. Wie Ulrich Sträter in seiner Studie zu ›Meditation und Kirchenreform in der lutherischen Kirche des 17. Jahrhunderts‹ (1995) deutlich machte, durchlief die um 1700 bei Johann Arndt einsetzende explizite innerlutherische Kirchenkritik das ganze Jahrhundert.

Die Konfessionalisierung wurde definiert als »gesellschaftliche[r] Fundamentalvorgang, der das öffentliche und private Leben in Europa tiefgreifend umpflügte und zwar in meist gleichlaufender, bisweilen auch gegenläufiger Verzahnung mit der Herausbildung des frühmodernen Staates und mit der Formierung einer neuzeitlichen disziplinierten Untertanengesellschaft, die anders als die mittelalterliche Gesellschaft nicht personal und fragmentiert, sondern institutionell und flächenmäßig organisiert war« (Schilling, Die Konfessionalisierung im Reich, 6).

Das anfänglich stark etatistisch geformte Konzept der Konfessionalisierung erfuhr mit der Zeit dank der breiteren Rezeption sozial- und kulturgeschichtlicher Fragestellungen zahlreiche Anpassungen. Zum einen weiteten sich die Forschungsinteressen neben der reformierten, lutherischen und katholischen Konfessionalisierung auf vergleichbare Phänomene im Anglikanismus und im osteuropäischen Christentum. Zum anderen kamen stets mehr spezifische Fragestellungen zum Tragen, welche die Komplexität des Konzepts deutlich machten. So präzisierte sich die Frage nach den Akteuren der Konfessionalisierung und deren Zielsetzungen über den Staat als eigentlichem Träger und »Gewinner« der Konfessionalisierung hinaus. Neben den Institutionen der staatlichen Obrigkeit wurden die internen kirchlichen, kommunalen und familialen Ebenen verstärkt in den Blick genommen. Auch die Gegenkräfte auf unterschiedlichen Gebieten von Kultur und Religion, welche die Uniformierungsstrategien unterliefen oder sich ihnen zu entziehen wussten, wie auch die intra- und interkonfessionellen Pluralisierungsprozesse etwa im Blick auf die keineswegs monolithisch, sondern begrenzt plural angelegten Orthodoxien gehören zum Gesamtpanorama. Zur Erforschung der Grenzen und Grenzüberschreitungen zwischen den Konfessionen leistet beispielsweise die Konversionsforschung, welche die bis ins 18. Jahrhundert hinein zuweilen dramatischen Wechsel des religiösen Bekenntnisses als strukturelles Merkmal der Konfessionskultur studiert, weiterführende Beiträge. In jedem Fall legt es die Erweiterung der Perspektiven nahe, das Konzept der Konfessionalisierung auf das der Konfessionskulturen bzw. -gesellschaften (Thomas Kaufmann u. a.) hin zu öffnen und beide idealtypisch zu fassen. Dabei ist von vielseitigen Wechselwirkungen zwischen den Konfessionen und ihrer jeweiligen Kraft zur Ausbildung konfessionsübersteigender Perspektiven sowie von stets präsenten Gegenkräften auszugehen, die nur teilweise domestiziert werden konnten.

Trotz Fortschritten in der Erforschung der Konfessionskulturen bzw. -gesellschaften herrscht nach wie vor Bedarf an territorialer und thematischer Einzelforschung, ohne die es keine sinnvollen komparatistischen Konzepte in europäischer oder gar globaler Weite geben kann. Dies gilt auch für die weitere Erforschung der »materialen Religion« (Ikonographie, Architektur, Kunstgegenstände usw.). Auch die Integration anderer Forschungsansätze wie die der historischen (Kultur-)Anthropologie und der Alltagsgeschichte bleibt eine wichtige Aufgabe zum besseren Verständnis dessen, was nur unzureichend mit der Unterscheidung von Popular- und Elitenkultur erfasst wird.

Es spricht einstweilen wenig dafür, das Konfessionalisierungsparadigma aufzugeben oder den Begriff des konfessionellen Zeitalters gänzlich durch die breitere Rede vom »frühmodernen« Protestantismus und Katholizismus zu ersetzen. Auch ein von 1550 bis 1870 oder gar bis nach dem Zweiten Weltkrieg andauerndes »konfessionellen Zeitalter« wird den inneren Entwicklungen nicht gerecht. – Andere inzwischen in die Geschichtswissenschaft eingeführte interdisziplinär anregende Paradigmen wie des Kulturtransfers und der »histoire croisée« (»gekreuzte Geschichte«; Michael Werner, Bénédicte Zimmermann) unterstreichen die Notwendigkeit erweiterter transnationaler Forschungshorizonte. Als besonders flexibel für unterschiedliche religions-, kultur- und sozialgeschichtliche Ansätze erwies sich bislang das Konzept des Kulturtransfers, das – grob gesprochen – auf den dynamischen Austausch mit dem »Anderen« und die schöpferische Anverwandlung bzw. Akkulturation an das jeweils »Eigene« zielt und weniger statisch vorgehen will als die herkömmliche historische Komparatistik. Die Forschungsschwerpunkte lagen freilich lange auf Deutschland und Frankreich im 18. und 19. Jahrhundert. Die »histoire croisée« verspricht dagegen mehr Aufmerksamkeit für die Verwobenheiten und Überschneidungen von Kulturen über die Transferanalyse hinaus. Mehr noch als die Transferforschung hat diese bislang eher programmatische als praktische Bedeutung für die Historiographie. Ansatzpunkte für die Anwendung des Kulturtransferkonzepts bieten das konfessionelle Zeitalter wie auch Pietismus und Aufklärung in europäischer und (nord-)amerikanischer Weite zur Genüge. Man denke nur an den internationalen Charakter des Calvinismus, die entsprechenden Aktivitäten der Jesuiten im römischen Katholizismus, die grenzüberschreitenden Verflechtungen und dynamischen Wechselwirkungen mit anderen Konfessionen in Luthertum und Anglikanismus, sowie an die Migrations- und Kolonialgeschichte. Entsprechend ergiebig dürften weitere Untersuchungen zur Geschichte der Predigt- und Erbauungsliteratur, des Kommunikationswesens und der Mission sein.

Im Zeichen der Globalisierung werden europäische, konfessionsübergreifende, interreligiöse und interkulturelle Horizonte eine zunehmend bedeutende Rolle spielen. Auch der bei M. Weber angelegte, in der Konfessionalisierungsforschung bislang eher implizit präsente universalhistorische Deutungsrahmen (»Zivilisationstyp [Alt-]Europa«), welcher die Gesamtleistungen der mit der Konfessionalisierung verbundenen Prozesse auf dem Weg in die Moderne zu würdigen versucht, wird dabei weiter zu entwickeln sein.